下设机构：总值班室、机要档案科、文秘科、新闻办、外事办。
2、关税处承担关区综合治税牵头推动相关工作。工作联系电话：0592-2355100下设机构：原产地管理科、税则税政科、估价征管科、关税征管科。
3、卫生检疫处承担海关卫生检疫相关工作制度、技术规范的相关工作。工作联系电话：0592-2355913下设机构：检疫管理科、卫生监督科、疾病监测科。
4、动植物检疫处承担出入境动植物、动植物产品和其他应检物检疫监管工作制度的相关工作。工作联系电话：0592-2355920下设机构：动检科、植检科。
5、进出口食品安全处承担进出口食品、化妆品安全相关工作。工作联系电话：0592-2355931下设机构：食品安全一科、食品安全二科、食品安全三科。
6、商品检验处承担进出口商品法定检验和监督管理相关工作。工作联系电话：0592-2355954、2355958下设机构：商品检验一科、商品检验二科。
7、综合业务处承担海关全国通关一体化、日常业务综合协调、业务改革推进、知识产权海关保护等相关工作。工作联系电话： 0592-2356073下设机构：业务协调科、通关管理科、改革发展科、知识产权科。
8、法规处承担关区法治海关建设工作，组织推动依法行政工作。工作联系电话： 0592-2355816下设机构：法制协调科、复议应诉科。
9、自贸区和特殊区域发展处承担自由贸易试验区监管制度创新推动相关工作，承担海关特殊监管区域、保税物流中心设立、变更、退出相关初审工作。工作联系电话： 0592-2355202、2355198下设机构：自贸区建设科、保税监管科、特殊区域科。
10、口岸监管处承担进出境运输工具、货物、物品、动植物、食品、化妆品和人员的海关检查、查验、检验、检疫、物流监控、监管作业场所等相关口岸监管工作。工作联系电话： 0592-2355161下设机构：运行监控科、物流管理科、查验管理科、快件邮件管理科、行李物品管理科。
11、统计分析处承担进出口货物贸易统计、业务统计、报关单数据和单证管理、业务数据安全管理、统计分析研究、监测预警、统计调查、统计服务等相关工作。工作联系电话： 0592-2355319、2355325下设机构：统计调查科、分析研究科、数据管理科。
12、企业管理和稽查处承担关区企业资质管理，企业信用管理，企业稽查、核查、贸易调查等相关工作。工作联系电话： 0592-2355229、2355251下设机构：执法规范科、稽核查管理科、资质管理科、信用管理科。
13、财务处承担关区财务管理、关务保障、资产管理等相关工作。工作联系电话： 0592-2355587下设机构：税费事业科、预算稽核科、经费科、缉私经费科、资产管理科、私货管理科。
14、科技处承担关区科技装备保障、网络基础设施建设、信息系统、实验室管理等相关工作。工作联系电话： 0592-2355635下设机构：科研与实验室管理科、政务应用科、业务应用科、网络通信科、安全运行科。
15、督察内审处承担关区执法监督、执法评估、内部控制、内部审计等相关工作。工作联系电话： 0592-2356089下设机构：审计科、督察科、内控科、执法评估科。16、人事处（党委组织部）承担关区人事管理、工资管理、干部管理工作，承担厦门海关党委组织部相关工作。工作联系电话： 0592-2355900下设机构：干部监督科、干部管理科、人事管理科、工资机构编制科。
17、教育处承担关区教育培训工作。工作联系电话： 0592-2356037下设机构：教育科、培训科。
18、机关党委（思想政治工作办公室、党委宣传部、党委巡察工作办公室）承担关区党群、工会、团委、妇委会、文联、党风廉政建设日常工作。承担厦门海关党委宣传部、党委巡察工作办公室各项工作。工作联系电话： 0592-2355838下设机构：宣传科、组织科、群团工作科、准军党廉建设科、巡察一科、巡察二科。
19、监察室（党委纪检组）承担监督关区各级领导班子落实全面从严治党主体责任，审查违反党纪案件、调查政务处分案件、提出问责建议、指导协调 “一案双查”等工作。承担厦门海关党委纪检组各项工作。工作联系电话：0592-2028747下设机构：审理科、审查科、监督科。
20、离退休干部办公室承担离退休干部相关工作，指导隶属海关单位离退休干部工作。工作联系电话：0592-2355885下设机构：服务保障科、医疗保健科。
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